技术介绍
分子对接（Molecular docking）是一种基于“锁-钥模型”原理的技术手段，旨在通过计算模拟的方式揭示配体小分子与生物大分子受体之间精密的相互作用机制。这一过程模拟了配体作为“钥匙”，依据其特定三维结构与受体“锁”的活性位点进行互补匹配，实现分子层面的识别与结合。配体-受体相互作用本质上体现了一种复杂的分子识别现象，涉及多种物理化学作用力的协同调控。其中包括但不限于：静电引力与斥力引导的电荷分布匹配，氢键供体与受体间的定向键合，疏水基团间倾向于聚集以降低体系自由能的疏水效应，以及源于分子间瞬时偶极与诱导偶极相互作用的范德华力。通过高精度的计算算法，分子对接能够精准预测配体与受体间可能的结合构象、结合模式以及相应的结合强度（即亲和力），为理解生物分子功能、设计药物分子以及阐释药物作用机理提供了强有力的理论依据与实验指导。
应用案例
此案例利用化学蛋白质组学技术，首次发现EIF2AK2、eEF1A1、PRDX3和VPS4B为小檗碱（BBR）协同抗炎作用的直接靶点。随后，作者使用重组蛋白进行SPR分析进一步确认。此外，使用Discovery Studio 4.5软件进行了BBR与四种蛋白质之间的分子对接，对接得分分别为100.2、88.8、86.7和91.6，与亲和力值基本相符。这些结果再次验证了BBR与这四种靶蛋白之间的特异性相互作用，其中BBR与EIF2AK2具有***强的亲和力。***，作者又在EIF2AK2基因敲除的小鼠中，发现BBR对IL-1β、IL-6、IL-18和TNF-α分泌的抑制作用明显减弱，证实了EIF2AK2依赖性抗炎功效。这些结果突显了BBR抗炎作用的网络机制，其中EIF2AK2是一个关键靶点，抑制EIF2AK2二聚化有望成为抗炎相关疾病的一种治疗策略。
常见问题
Q1、如果计算结果与预期不符合怎么办？
1.科研计算服务是一个探索的过程，其中存在不确定性。服务方对理论计算得到的数据负责， 但不保证理论数据能够与预期结果完全一致。如果需要可以对模型进行适当调整，调整过程中若增加计算或者大规模的重新计算，需增加计算费用，价格另行协商。
2.模拟计算存在不确定性，我们对计算过程的正确性负责。计算开始之后会消耗软件，机时以及人力成本，所以不支持退款，敬请谅解。
参考资料
Wei Wei，et al. Discovery and identification of EIF2AK2 as a direct key target of berberine for anti-inflammatory effects. Acta Pharm Sin B. 2023;13(5):2138-2151.
复制产品链接
长按图片保存/分享
